Oorspronkelijk zou de sluis al bij de start van het vaarseizoen in april gereed moeten zijn, maar het project bleek veel complexer dan gedacht. Het innovatieve ontwerp van de sluis, een zogeheten vlinderklepprincipe waarbij er geen traditionele sluisdeuren zijn, zorgde er voor dat het waterschap extra expertise in moest huren. Toen de sluis begin juni gereed leek te zijn, bleek er nog een automatiseringsprobleem te zijn.
Halve meter
De bouw duurde in totaal ruim anderhalf jaar. Nu de sluis open is, kunnen bootjes met een maximale diepgang van een halve meter van Zwolle naar Duitsland varen. De sluis Junne is zelfstandig te bedienen door gebruikers. Er is altijd een sluiswachter aanwezig om eventuele vragen te beantwoorden en aanwijzingen te geven.